Il Palazzo Estense di Varese fu una residenza di Francesco III d’Este, Duca di Modena e Reggio, amministratore, capitano generale e poi governatore della Lombardia austriaca. Il 20 settembre 1755 il duca venne per la prima volta a Varese con il suo seguito, ospite del marchese Menafoglio; durante questo soggiorno maturò forse la decisione di scegliere Varese per costruire il suo palazzo estivo.