Fu aperto al pubblico nel 1968 a partire dal materiale della precedente collezione civica, esposta per alcuni decenni nel cosiddetto Museo Civico di Crotone, con pezzi significativi di tutta l’area della Magna Grecia. Il nucleo originario era stato composto soprattutto da materiale proveniente da scavi non ufficiali e dal mercato antiquario; solo in seguito vi confluirono vari reperti provenienti da scavi realizzati in città, nelle necropoli e negli insediamenti del territorio.