La chiesa fu costruita a partire dal 1586, quando l’Arciconfraternita della Trinità dei Pellegrini volle un nuovo edificio con annesso ospedale di ricevimento e cura dei viandanti, un sito del confratello Giuseppe Ceneo. Nel 1587 la chiesa fu completata nello stato primario, e dal 1602 iniziarono i lavori di abbellimento, nella facciata, terminata nel 1609. Nel 1634 il cardinale Antonio Santacroce la elevò a parrocchia; nel 1748 fu eretto il campanile a spese della Caonfraternita, e nel 1770 Fabrizio De Fabritiis intagliò il pulpito ligneo. Gli ultimi interventi si hanno nel 1844 con l’affresco della cappella del Suffragio, ricavata da una torre della cinta muraria, ad opera di Raffaele Ferrara. Nel 1902 fu inaugurato l’orologio soprastante il campanile.